Pannekoek doorliep de jeugdopleiding van FC Groningen, maar de aanvallende middenvelder brak nooit echt door. Hij speelde wel twee officiële wedstrijden voor FC Groningen.
Vorig seizoen speelde Pannekoek bij FC Emmen. Dit jaar zou hij naar WKE gaan, maar zag daar vanaf omdat hij in Groningen gaat studeren.
